À sept ans, il débute ses études musicales au Conservatoire de Lyon. La fréquentation régulière de la Primatiale Saint-Jean grâce à la Maîtrise des Petits Chanteurs de Lyon dont il fait partie pendant 17 ans, lui permet la rencontre de l’orgue et de ses titulaires dont Joseph Reveyron. Il débute avec Yves Musante, titulaire de l’orgue de chœur de la Primatiale sur cet instrument, continuant ses études au Conservatoire en s’orientant vers la direction de chœur.
Il a participé à la formation musicale de la Maîtrise de 1990 à 1999. Il a fondé en 1991 et dirigé pendant cinq ans le chœur de l’Université Lyon 1. Grand connaisseur du formidable vivier qu’est le répertoire de la musique sacrée, il s’attache à en promouvoir la valeur et le riche patrimoine. Il a fondé en 1989 et dirigé pendant onze ans « l’Ensemble Vocal Artéis » à Lyon.
Emmanuel Drutel est, depuis 1986, l’organiste titulaire de l’orgue Joseph Merklin de l’église Notre-Dame des Anges à Lyon. Muet depuis plusieurs années, il a redonné vie à l’instrument, puis a organisé sa reconstruction avec l’association des Amis de l’orgue dont il est le co-fondateur.
Il a joué de nombreux instruments en France (cathédrales du Puy-en-Velay, de Bourges, abbatiale de la Chaise-Dieu, orgue de chœur de Notre-Dame de Paris), en Europe (Hambourg, Anvers, Spa) et aux États-Unis (cathédrale de New York, St Ignacius à Boston, cathédrale de San Francisco).
Spécialiste de la liturgie, il accompagne aussi les chœurs de la Maîtrise de Lyon, celle du Puy-en-Velay, les Petits Chanteurs de Saint-Marc ou les Petits Chanteurs de Saint-Thomas d’Aquin. Il a dirigé ces derniers pendant le congé maternité de son chef, Marie-Florence Gayet-Moreau, durant l’année scolaire 2013-2014.
Il travaille avec La Cantoria, chœur d’une cinquantaine de choristes, depuis 1989 et en est le directeur musical depuis 1997. Il a proposé des œuvres majeures du répertoire au public lyonnais, depuis la musique baroque jusqu’à l’époque contemporaine.